célja az ember v. az állat környezetébe került kórokozók elpusztítása v. számuk jelentős csökkentése. Az állattelepeken az időszakos fertőtlenítés a technológiának szerves része. Fertőző betegségek esetén megelőző, folyamatos (v. ismételt) fertőtlenítést és a zárlat (állat-egészségügyi zárlat) feloldása előtt végfertőtlenítést (egyszerű v. szigorított fertőtlenítést) kell végezni. A fertőtlenítésnek fiz. (mechanikai: tisztogatás, szűrés; kiszárítás; sugárkezelés; hőkezelés), kém. és biol. (erjesztés, füllesztés, szennyvíztisztítás) módszerei vannak. A gyak.-ban használatos legfontosabb kém. fertőtlenítőszerek: a klórtartalmú szerek (pl. klórlúg, klóros mész), az aldehidek (pl. formaldehid), a jódot szerves kötésben tartalmazó szerek (jodoformok), a savak, a lúgok. A fertőtlenítőfolyadékok porlasztásával a levegő fertőtlenítésére is mód van (aeroszol-fertőtlenítés). A fertőtlenítés kiterjedhet az istállóra, az állatok testfelületére, a takarmányos zsákokra, a takarmányra, az ásott kutakra, a járművekre, az állati termékekre stb., valamint az emberekre és ruházatukra.