a fénymikroszkópnál bonyolultabb fölépítésű nagyítórendszer, amelyben elektronsugarakat alkalmaznak fénysugarak helyett. Az elektron gyenge áthatolóképességű, ezért a vizsgált készítmény mindössze 10—100 um vastag lehet. Feloldóképessége ezerszerese a fénymikroszkópénak, ez lehetővé teszi, hogy elektronmikroszkópos vizsgálattal bizonyos molekulák is elkülöníthetők.